Finalmente achei a solução dos meus problemas!!! Esse final de semana comprei um tipo de verniz diferente para tentar passar nas caixinhas, este é um verniz para dar acabamento em artesanatos. O que eu estava usando era um verniz para madeira mesmo, para móveis, o acabamento ficava muito "grosseiro" e brilhante, não era bem o que eu queria.
Este agora não fica tão brilhante, não fede tanto hehehe e seca bem rápido, bom parece que agora já posso continuar fazendo as caixas sem me preocupar com o acabamento =)